Генерируем приватный ключ и файл запроса:

openssl req -new -newkey rsa:1024 -nodes -keyout web-srv.req -out web-srv.key -subj "/CN=web.miko.ru/OU=miko.ru/O=MIKO/C=RU/ST=Russia/L=Zelenograd"

Согласно инструкции по ссылке http://www.alsigned.ru/?p=2142

Генерируем сертификат.

Конвертируем сертификат certnew.cer в pem формат.

openssl  -in certnew.cer -inform DER -x509 -out web-srv.pem -outform PEM

Объединяем 2 файла в один.

cat web-srv.key web-srv.pem > ssl.pem

Сертификат готов.